Alamut-基因变异处理软件方案

在NGS分析过程中，前期GATK/BWA、Sentieon等基因变异检测软件获取变异文件后，需要标记每个变异的临床影像，再结合表型探索并寻找致病变异，最终出具相关报告。Alamut软件提供的模块主要负责对变异文件出来后的变异注释、筛选、探索和出具报告的过程。

Alamut软件套件分为三个模块：Alamut BATCH、Alamut FOCUS、Alamut VISUAL，此三个软件模块完成从变异注释、变异筛选、变异探索的整个流程。

Alamut Batch 变异注释软件

Alamut Batch模块丰富了原始的NGS变异，并进行了附加注释，包括对人类基因的影响、等位基因频率（Allele Frequency）、错义突变和剪接位点的预测。

Alamut Batch模块作为高效的高通量人类变异注释引擎，为NGS变异检测提供了众多功能和数十个注释能力。

主要特点

特点列表

• 注释引擎支持人类基因（包括蛋白质编码、非蛋白质编码、伪基因）；
• 对原始NGS变异的数据富集，主要通过集成精心设计Alamut软件套件数据库和高效的外部预测工具实现 ；
• 可轻易集成到任何相关分析的Pipeline中（Linux、Windows）；
• 所涉及文件格式均遵照行业标准格式，兼容性强（例如tab-delimited、VCF等）；
• 可以根据用户需求，将注释严格限制在用户指定的区域 ；
• 将注释文件中引入的外部注释集中输出到结果文件中 ；
• 为Windows用户提供可视化的前端界面 ；
• 提供两种工作架构形式：客户端-服务端分离版本、独立版（包含Alamut数据库）。

注释功能

基础注释

• 基因:symbol, HGNC id, OMIM® id
• 转录本:RefSeq id, strand, length
• 蛋白:RefSeq id, Uniprot id, domains
• 变异类型:substitution, deletion, insertion, duplication, delins
• 编码影响:synonymous, missense, nonsense, in-frame, frameshift, start loss, stop loss
• 变异位置:upstream, 5’UTR, exon, intron, 3’UTR, downstream
• HFGVS命名:gDNA-level, cDNA-level, protein-level
• 外显子、内含子编码

变异数据库注释

• dbSNP, ExAC, ESP/EVS
• ClinVar, SwissProt
• COSMIC （此数据库为免费数据库）

基因剪接预测

• MaxEntScan, NNSPLICE, SpliceSiteFinder, GeneSplicer预测
• 对最邻近原始剪接位点的影响
• 对变异邻近的剪接影响（例如：新剪接位点，邻近隐藏剪接位点的激活）
• 分支剪接位点预测

错义突变注释&预测

• phastCons与phyloP核酸保守分数
• 编码细节预测
• BLOSUM分数，Grantham距离与氨基酸物化特性
• 越来越多的错义突变预测工具：SIFT，Align GVGD，MAPP