图像比例尺
使用ImageJ软件测量图像中的长度、面积等信息时，需要先设置图像的比例尺，比例尺用于将图像中的像素单位转换为真实的世界单位。
加载图像
启动ImageJ程序，从File菜单选择Open Samples，选择Leaf打开树叶的示例图像：
设置比例尺
将图片适当放大，使用直线工具沿着图片中的直尺刻度绘制一条直线，作为标尺参考线。绘制的时候可以按住shift键保证直线水平，直线如下图所示：
转到Analyze菜单，选择Set Scale...，在弹出的窗口中输入以下内容，点击OK确认设置：
- Distance in Pixels（像素距离）：测量的直线的像素长度，软件自动计算不需要设置。
- Known distance（已知距离）：刚才画出的直线代表的真实世界长度，这里是10 mm。
- Global（全局）：是否应用于整个工作流程，如果有同批次同镜头视野的多张照片可以勾选，这里选择不勾选。
- Pixel aspect ratio（像素纵横比）：图像中单个像素的宽度与高度之间的比率，一般设置为1。
- Unit of length（长度单位）：真实世界的长度单位，这里选择毫米（mm）。
标定后图片大小85.57mmx75.27mm，在Image->Properties...中可看到像素大小为0.1687764 mm：
标注比例尺
可以把比例尺到图片上，方便测量、观察。选择菜单栏的Analyze->Tools->Scale Bar，在弹出的界面中设置比例尺颜色位置、长度、字体大小等参数：
设置完成后效果如下，如果不想标注部分破坏原图，保存时要选择TIFF格式：
测量长度面积
ImageJ提供了许多测量功能，可以打开菜单的Analyze->Set Measurements…，在弹出的对话框中查看并勾选希望测量的功能：
下面以测量主叶脉长度和叶子面积为例，介绍常用的测量方法。
测量长度
选择直线工具，在主叶脉上画一条直线，然后点击Analyze->Measure进行测量。测量结果如下，长度为59.646mm：
测量面积
测量面积的操作类似，主要差异在测量目标的选中上，大致有两种选中方法:
- 用多边形工具手动框选测量区域
- 用魔棒工具抠图选中测量区域（推荐）
选中魔棒工具，在叶子的绿色部分点击一下选中。然后双击魔棒工具，调节阀值直到选中整个叶面：
点击Analyze->Measure，测量结果为 2411.380 mm²。