GANPriorEmbeddedNetworkforBlindFaceRestorationintheWild 会议时间：2023-02-05 会议地点：腾讯会议 关键词：GANDNNGPEN 作者：杨涛等 期刊：IEEEXplore 年份：2021 论文原文: CVPR2021OpenAccessRepositoryhttps://openaccess.thecvf.com/content/CVPR2021/html/Yang_GAN_Prior_Embedded_Network_for_Blind_Face_Restoration_in_the_CVPR_2021_paper.htm...

Deepro-Glu:combinationofconvolutionalneuralnetworkandBi-LSTMmodelsusingProtBertandhandcraftedfeaturestoidentifyl 会议时间：2022-10-30会议地点：腾讯会议关键词：lysineglutaryation,BERT,deeplearning,proteinlanguagemodels作者：XiaoWang期刊：Bioinformatics年份：2022论文原文:https://doi.org/10.1093/bib/bbac631代码：https://github.com/xwan...

Semi-supervisedLeftAtriumSegmentationwithMutualConsistencyTraining 会议时间：2023-1-26会议地点：腾讯会议关键词：半监督，左心房分割作者：YichengWu,MinfengXu期刊：MICCAI2022年份：2022 主要内容 一,摘要:(1)低估了训练中挑战性区域(如小分支或模糊边缘)的重要性.(2)提出了一种MUTUALCONSISTENCYNETWORK(MCQ-NET)用于从3DMR图像中分割半监督左心房.(3)MC-NE代优于最近六种半监督口左心房分割方法,并在LA数据库上设置了最新的最先进的性能.二,引言:2...

关键词：作者：Wen-FengZeng1,Xie-XuanZhou1,SanderWillems1,ConstantinAmmar1期刊：naturecommunications年份：2022论文原文:https://doi.org/10.1038/s41467-022-34904-3补充材料：41467_2022_34904_MOESM1_ESM(科研通-ablesci.com).pdf(2.2MB) 主要内容 问题 机器学习，尤其是深度学习(DL)在基于质谱(MS)的蛋白质组学中越来越重要。AlphaPeptDeep，这是一个构建在PyTorchDL库基础上的模块化Python框架，它可以...

MULTI-LEVELPROTEINSTRUCTUREPRE-TRAININGWITHPROMPTLEARNING 通过提示学习进行多级蛋白质结构预训练期刊：ICLR2023作者：浙江大学团队 背景 蛋白质可以关注不同的结构水平来实现其功能。蛋白质结构有四个不同的层次，第一级是由氨基酸组成的蛋白质序列，第二级是指局部折叠结构，第三季描述自然折叠的三维结构，第四级是由多个氨基酸组成的蛋白质聚体。 大多数现有的功能预测方法都采用一级或三级结构作为输入，无意中忽略了蛋白质结构的其他级别。 相关工作 ProteinRepresentationModels（从一级结构出发） ●Asgari&M...

PLASMe:atooltoidentifyPLASMidcontigsfromshort-readassembliesusingtransformer 会议时间：2023-10-4会议地点：QQ共享关键词：作者：XuboTang;JiayuShang;YongxinJi;YanniSun期刊：NucleicAcidsResearch年份：NucleicAcidsResearch论文原文:补充材料： 主要内容 1问题： 2方法 3主要实验及结果 4分析 5结论 论文链接：https://doi.org/10.1093/nar/gkad578期刊：NucleicAcidsResearch 代码...

TRAmHap:accuratepredictionoftranscriptionalactivityfromDNAmethylationhaplotypesinbisulfite-sequencingdata 会议时间：2023-11-5会议地点：QQ共享关键词：DNAmethylationhaplotypes,geneexpression,enhancer,deeplearning作者：SiqiGao,HanwenZhu,KangwenCai,LeiqinLiu,ZhiqiangZhang,YiDing,YaochenXu,XiaoqiZheng,JiantaoShi期刊：Briefing...

关键词：作者：期刊：IEEEJournalofBiomedicalandHealthInformatics年份：2023论文原文:https://doi.org/10.1101/2022.09.02.506180 主要内容 1问题 ：长链非编码RNA(LncRNAs)在调控基因表达和其他生物过程中起着至关重要的作用。 区分lncRNA和蛋白质编码转录本(PCTs)有助于研究人员深入了解lncRNA的形成机制及其与各种疾病相关的下游调控。 该工作允许不依赖先前生物知识的分类。具有几个主要特点： 整个LncDLSM由两部分组成，第一部分是基于分层输入神经网络的Hinn分析器，该分析器用于提取k-m...

CircPCBL:IdentificationofPlantCircRNAswithaCNN-BiGRU-GLTModel 报告人：王乐记录人：曹宇婕会议时间：2023-11-17会议地点：QQ会议关键词：作者：期刊：PlantsBasel年份：2023论文原文:https://doi.org/10.3390/plants12081652 主要内容 概要 环状rna(circRNAs)是前mRNA剪接后产生的，与几种肿瘤类型的出现密切相关。进行后续研究的初始阶段包括识别环状rna。目前，动物是大多数成熟的circRNA识别技术的主要目标。然而，由于植物环状RNA的序列特征与动物环状RNA不同，...

期刊:IEEE/ACMTransactionsonComputationalBiologyandBioinformatic 分区：3区 摘要 -最近在语言模型方面的工作已经在各种语言任务上取得了最先进的表现。其中，来自Transformers(BERT)的双向编码器表示专注于单词嵌入的语境化，以提取单词的语境和语义。另一方面，转录后2'-O-甲基化(Nm)RNA修饰在各种细胞任务中具有重要意义，并与许多疾病相关。现有的高通量实验技术需要更长的时间来检测这些变化，探索这些功能过程的成本也更高。在这里，为了更快地深入了解相关的生物学过程，我们提出了一种有效的方法BERT2OME来从RNA序列中推断...

期刊：naturecommunications 影响因子：16.6↓1.094 中科院分区：1区 摘要 位点特异性酪氨酸型重组酶是基因组工程的有效工具，首个工程化变体已显示出治疗潜力。到目前为止，设计重组酶对新DNA靶位点选择性的适应主要是通过定向分子进化的迭代循环实现的。虽然有效，定向分子进化方法是费力和耗时的。在此，我们介绍了RecGen(重组酶发生器)，一种智能生成设计重组酶的算法。我们收集了超过100万个针对89个不同靶位点进化的Cre样重组酶序列的序列信息，并利用这些信息对条件变分自动编码器进行重组酶生成培训。实验验证表明，该算法能够预测在新靶位点具有活性的重组酶序列，表明RecGe...

ICLR会议论文 TItle:MULTI-LEVELPROTEINSTRUCTUREPRE-TRAININGWITHPROMPTLEARNING 王泽源 1,2,7张强 1,2†余浩然2,3 胡双伟4      1 浙江大学计算机科学与技术学院 2浙江大学-杭州全球科技创新中心 3浙江大学化学与生物工程学院 4Vecx生物医药股份有限公司，5敏德AI有限公司，6伦敦7大学学院 AZFT知识引擎联合实验室，8东海实验室 {yuanzew,qiang.zhang.cs,yuhaoran,huajuns&nbs...

Title:DNA5-methylcytosinedetectionandmethylationphasingusingPacBiocircularconsensussequencing 期刊：naturecommunications 中科院分区：Q1 影像因子：16.6↓1.094 Github: 文章链接:https://doi.org/10.1038/s41467-023-39784-9 摘要 长单分子测序技术，如PacBio环形共识测序(CCS)和纳米孔测序，在生物医学领域具有优势检测CpGs(5mcpg)中的DNA 5-甲基胞嘧啶，特别是在重复的基因组区域。然而，使用Pa...

Title:Adeepmultiplekernellearning-basedhigher-orderfuzzyinferencesystemforidentifyingDNAN4-methylcytosinesites 期刊：InformationSciences 中科院分区：一区（计算机科学技术） 影像因子：8.1↓0.133 文章链接:https://doi.org/10.1016/j.ins.2023.01.149 Websever: Github: 摘要 n4-甲基胞嘧啶(N4methylcytosine,4mC)作为一种DNA修饰，在表观遗传调控中起着至关重要的作用。然而，现有的准...

期刊： ProceedingsoftheNationalAcademyofSciences DOI： 10.1073/pnas.2019768118 作者： OYOliviaTse;PeiyongJiang;SukHangCheng;WenleiPeng;HuiminShang;etal 出版日期 ：2021-01-25 网址： https://doi.org/10.1073/pnas.2019768118 摘要 5-甲基胞嘧啶(5mC)是一种重要的表观遗传修饰。亚硫酸氢盐测序(BS-seq)有局限性，如严重的DNA降解。利用单分子实时测序，我...

Title:iRhm5BiRNN:IdentificationofRNA5-HydroxymethylcytosineModificationsUsingBidirectional-RecurrentNeuralNetwork DOI：10.1109/access.2021.3049146 期刊：IEEEAccess 中科院分区：3区 影响因子：3.9↑0.424 作者：SyedDanishAli;JeeHongKim;HilalTayara;KiltoChong 出版日期： 2021-01-06 网址： http://xplorestaging.ieee.org/ielx...

DOI：10.3389/fgene.2023.1121694 期刊：FrontiersinGenetics 中科院分区：3区 影响因子：3.7↓1.072 作者：XinruZhang;ShutaoWang;LijiXie;YuhuiZhu 出版日期：2023-01-19 网址： https://doi.org/10.3389/fgene.2023.1121694 摘要 背景:假尿嘧啶(Ψ)是在各种RNA类型中发现的最丰富的RNA修饰之一，在许多生物过程中起着重要作用。研究Ψ的各种生化功能和机制的关键在于识别Ψ位点。然而，用实验的方法识别Ψ网站，耗时耗力，费用昂贵。因此，有必要开发基于...

这里面介绍的是上一篇更新的博客的相关补充资料，只有四张有关三个物种的acc的图。还有三个物种对于不同特征组合的交叉验证与与独立测试的结果，还是平台好啊，水文章也比较容易一些。 SupplementaryMaterial XinruZhang,ShutaoWang,LinaXie,YuhuiZhu Correspondence:YuhuiZhu zhuyuh@jlu.edu.cn 既然是8月摸鱼计划就让我水一下吧，他这些补充材料也就一般吧 1       SupplementaryFigures  &nb...

DOI：10.3390/ijms24032595 期刊：InternationalJournalofMolecularSciences 中科院分区：2区生物学  影像因子：5.6↓0.608 作者：YongqingZhang;MaochengWang;ZixuanWang;YuhangLiu;ShuwenXiong;etal 出版日期：2023-01-30 网址: https://www.mdpi.com/1422-0067/24/3/2595/pdf?version=1675053613 Github(数据集):https://github.com/ZhangLab312...

标题:iRNA-PseU:IdentifyingRNApseudouridinesites. DOI:10.1038/mtna.2016.37 期刊:DOAJ:DirectoryofOpenAccessJournalsDOAJ 作者:WeiChen;HuaTang;JingYe;HaoLin;Kuo-ChenChou 出版日期:2016-01-01 网址: https://doi.org/10.1038/mtna.2016.37 老文章了，为了看看数据集，结果没找到，随便看看就得了 摘要 作为最丰富的RNA修饰，假尿嘧啶在许多生物过程中起着重要作用。这种修饰发生在尿嘧啶位点，由假尿嘧...