复杂热图可视化 https://doi.org/10.1002/imt2.43 PROTOCOL ●2022年8月，德国癌症研究中心顾祖光在iMeta在线发表了题为“Complexheatmapvisualization”的方法类文章。 ● 该研究系统性地介绍了ComplexHeatmapR包在复杂热图可视化方面的特性和功能。 ● 第一/通讯作者：顾祖光 摘  要 热图是一种广泛使用的针对矩阵数据的统计可视化方法，其用于揭示存在于矩阵中的相似模式。在R编程语言中，有许多绘制热图的包。其中，ComplexHeatmap软件包为构建高度可定制的热图提供了...

一、reshape2简介 reshape2是由HadleyWickham编写的R包，可以轻松地在宽格式（wide-format）和长格式（long-format）之间转换数据。 reshape2R包主要有两个主要的功能：melt和cast melt：将wide-format数据“熔化”成long-format数据； cast：获取long-format数据“重铸”成wide-format数据。 这两个命名十分形象，方便记忆，你可以想象成你在处理金属。当你熔化金属成液体滴下时，金属会被拉长（long-format）。如果你把金属它铸成一个模子，它就会变宽（wide-format）。 二、什...

科研人员， 如何维持强大的科研创新能力？ 美国的RonaldD.Vale做出了榜样。 读研究生的1985年， 年仅26岁的RonaldD.Vale， 以第一作者在Cell杂志发表了4篇论文！ 被称为史上最牛研究生。 毕业后， 其创新和科研能力毫无衰减， 更因成果丰硕而入选美国科学院院士。 难能可贵的是， RonaldD.Vale成立了免费在线培训， 以帮助青年科学家快速成长。 更总结了十大经验， 其中最关键的是： 选好课题、跟读文献和保持创新。 下面十个优质公众号， 由科研大咖主持； 大数据解析最有影响力学者和经典论文、 分享最有价值研究及新思路， 提供生信、统计等科研方法免费教育。 高效利...

从绿色革命改良作物株型，到杂交水稻大面积推广，粮食单产增长了一倍多。 然而，此前研究表明，全球约2439%的玉米、水稻、小麦以及大豆种植区域单产处于停滞不前甚至下降的态势。 北京时间2022年7月22日凌晨2时，《科学》（Science）杂志在线发表了中国农业科学院作物科学研究所周文彬团队在水稻中发现的高产基因（OsDREB1C），能够同时提高光合作用效率和氮素利用效率，可提高作物产量30%以上。 《科学》论文评审专家认为，该团队出色地完成了大量的田间试验工作，包括不同作物、不同地点的多年田间试验，呈现了全面而可靠的实验结果。该研究结果是了不起的、激动人心的、并具有潜在影响力的，如果将其应用...

五一假期了，来一点趣味性的。热图就是把数字转成颜色，我们去网上拿一张五一的图片，转成矩阵，存储到`wuyi.txt`文件。然后就可以用我们的热图工具定制自己的“五一快乐了”。 http://www.ehbio.com/Cloud_Platform/front//analysis?page=b%27Ng%3D%3D%27 隐去横轴和纵轴的标记，图例按说也应该隐去的，不过热图通常用不到这个功能，这里就不去改代码了，直接用起来。颜色自己随意设置。 结果出来了。多个颜色的版本。那么以后自己拿到某个图觉得分辨率低或颜色配色不喜欢，也可以拿来自己配色了。

2023年4月6日，NatureGenetics《自然·遗传学》发表了由新疆农业科学院园艺作物研究所牵头，中国农业科学院深圳农业基因组研究所、作物科学研究所、生物技术研究所等团队合作完成的题为Super-pangenomeanalyseshighlightgenomicdiversityandstructuralvariationacrosswildandcultivatedtomatospecies的研究论文。该研究绘制了11个野生和栽培番茄的染色体级别高质量基因组图谱，阐明了茄属番茄组（Solanum section Lycopersion）的基因组演化历史，构建了首...

TCM2COVID：抗COVID-19的中医药及其机制与疗效数据库 https://doi.org/10.1002/imt2.42 RESEARCHARTICLE ●2022年8月，成都中医药大学张杨团队在iMeta在线发表了题为“TCM2COVID:Aresourceofanti‐COVID‐19traditionalChinesemedicinewitheffectsandmechanisms”的文章。 ● 该研究系统收集抗COVID-19中医药方、草药、天然产物数据，开发了TCM2COVID数据库，为收录、查询和浏览抗COVID-19中医药治疗方案提供了一个友好且实用的平...

《基因》系列自问世以来的几十年间共修订了12次。这不仅反映了基因研究的迅猛发展和所取得的丰硕成果，同时也表明了《基因》系列深受广大读者的喜爱。 科学出版社于2005年引进出版《基因VIII》中译本，曾经创下了累计销售14500册的佳绩。2013年再次引进出版《Lewin基因X》中译本，至今已累计销售超过20000册，成为众多学子与科研人员的案头书。时隔八年，在经历两年的精雕细琢和多位专家的支持与帮助下，我们隆重推出这一经典著作的最新译本——《Lewin基因XII》（中译本）。这一版本仍然沿袭前作的精良编写和制作，增加了许多新的内容，并综述了最新进展。信息量大，图文并茂，突出地阐明了基因是生命...

一、实验室介绍 肠道微生物实验室主要开展肠道微生物的分离培养、生理代谢、遗传以及与宿主互作等。实验室学术带头人刘双江教授曾经获得国家杰出青年基金项目（2007）和中科院“百人计划”项目支持（2000）；做为主要参与者，发起并推动了“中国微生物组计划”，承担并完成了中国科学院微生物组计划重点部署项目（“中国微生物组计划”预研）。目前正在承担国家重点研发计划项目“活性污泥人工多细胞体系构建与应用”、国家自然科学基金重大国际合作项目“有机污染物降解微生物组的功能解析和微生物菌群3D打印技术”和重大项目课题“土壤复合污染物的微生物转化及核心功能菌群构建”、中国科学院先导专项项目“肠道微生物组分析技术...

生物信息学习的正确姿势 NGS系列文章包括NGS基础、高颜值在线绘图和分析、转录组分析 （Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析 （ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析 (重磅综述：三万字长文读懂单细胞RNA测序分析的最佳实践教程)、DNA甲基化分析、重测序分析、GEO数据挖掘（典型医学设计实验GEO数据分析(step-by-step)）、批次效应处理等内容。 姊妹篇：总被审稿人提起的多重假设检验校正是什么？ 前几天，Nature上一篇comment再度引发关于p-value如何使用和解释的文章：Scienti...

多维排列(Multidimensionalscaling,MDS)是可视化多变量样品(如多个物种丰度、多个基因表达)相似性水平的一种方法。其基于距离矩阵进行一系列的排序分析。 经典的MDS(CMDS)分析就是前面提到的PCoA分析，也称为度量性MDS分析。而与之相对的是非度量多维排列(Non-metricmultidimensionalscaling,NMDS)。 非度量多维排列(NMDS)是基于相异矩阵或距离矩阵进行排序分析的间接梯度分析方法。NMDS的目标与PCA或PCoA类似(一文读懂PCA分析（原理、算法、解释和可视化）一文学会PCA/PCoA相关统计检验(PERMANOVA)和可视...

BIC平台（原ImageGP）因使用人数较多，计算需求较大，常处于满负荷运行状态。 感谢各位同行的支持！

集智俱乐部！ 导语 近日，来自科罗拉多大学的AaronClauset 等研究者，在收集大量科研人员的数据后，对“博士毕业院校的声望，能够代表科学家能力”的假设提出来质疑，他们认为早期的学术训练更重要。 其实，2015年科罗拉多大学博尔德 SamuelF.Way等人就发现科研人员的工作机构比他们接受学术训练的机构影响更大。一个人博士学位的名气虽然可能在强烈预示着这个人有可能在哪里被聘为教授，但对于他的科学贡献方面能发挥的作用很有限。 编译：集智俱乐部 原题：PedigreeandProductivity “学术谱系”并不能够主宰一切 在2015年，曾有一项研究表明：科研...

大多数科研文章都离不开图表，尤其是图，熟悉一些绘图软件，并将图在文章和PPT中展示出来，是科研训练的重要内容。漂亮的文章配图能给自己的工作加不少分，生信宝典推出R的系列教程ggplot2高效实用指南(可视化脚本、工具、套路、配色)讲解通过R语言绘制高颜值图。后来为了更加方便使用，生信宝典团队开发了在线绘图工具www.ehbio.com/ImageGP，支持14中常见图形和部分扩增子分析，深受欢迎，日均访问400次，累计访问数十万次，遍及世界各大洲，功能也在一直增加完善中。 后台不少朋友说有更多绘图的需求，故整理了Graphpad的使用，一是传播知识，二是向优秀软件学习，让在线绘图越来越好。G...

劈个叉：B站上科普向的视频和UP主灿若繁星。作为一名资深潜水员，生信宝典在2018年入驻B站并且分享了一些绘图和网站教程，后续也将陆续上传其他视频内容，感兴趣的读者不妨关注了解一下(推荐我们在B站免费的转录组课程)。 iBiology是可以在线互动、旨在分享生命科学领域的前沿研究报道的科普性质网站；重点是免费的在线交互式课程和牛人talk，视频是基于youtube播放器，因此在线播放需要科学上网，觉得麻烦的话可以手动下载视频本地观看，下载速度取决于网速（在线的好处是可以有多语字幕，下载到本地的话，只有部分视频会提供英语字幕，不论主讲人语种）。 探门|检索 任何事物划分到细都会成了“X...

海哥，中国科学院遗传与发育生物学研究所，生物信息学博士。在生信宝典出品过多部“傻瓜式”教程。 生信宝典之傻瓜式(一)如何提取指定位置的基因组序列 生信宝典之傻瓜式(二)如何快速查找指定基因的调控网络 生信宝典之傻瓜式(三)我的基因在哪里发光如何查找基因在发表研究中的表达 生信宝典之傻瓜式(四)蛋白蛋白互作网络在线搜索 生信宝典之傻瓜式(五)文献挖掘查找指定基因调控网络 生信宝典之傻瓜式(六)查找转录因子的靶基因 这次海哥回北京，结合自己发表过的文章和其它经典文章以及自己多年做研究的经历，从中心法则出发，为大家从不同层面介绍组学分析的手段，并解释了不同方法都能解决什么具体的生物学问题。 本视频...

简介 看到知乎不错的回答，小编重新汇总、编辑了下。观点仅供参考～ 送给即将读博的读者们，也送给自己。 观点一 作者：冲气以为，文章链接[1]。 我感觉除了那个回答之外会跟自己第一年说的有几点： 1、只为自己工作，这跟付我钱的导师，其他人都无关。 2、无论想不想以后走学术路线，都以做faculty作为职业目标。尽管出成果需要运气，但是以faculty作为目标，结果都不会太差，会收获不一样的人生。 3、不要随便给自己放假，常年持续性工作。每天如果能工作12个小时，尽量坚持到14小时，因为自己的所有产出，可能都是最后两个小时做出来的。这个建议对一年级新生尤为重要。 4、博士生在哪个国家永远是身...

1.做实验是一个工程，是一次战役，要知道什么时候开始，什么时候结束。 2.实验开始前，要分析步骤，需要做好的准备工作要提前完成，需要用到的设备、材料逐个检查是否可以正常使用。 3.规划好时间，无论成功还是失败，接下来的工作都不要与吃饭、睡觉发生冲突。 4.做好记录，时间，地点，任务，加样顺序，量，都记录好。

WGCNA基本概念 加权基因共表达网络分析(WGCNA,Weightedcorrelationnetworkanalysis)是用来描述不同样品之间基因关联模式的系统生物学方法，可以用来鉴定高度协同变化的基因集,并根据基因集的内连性和基因集与表型之间的关联鉴定候补生物标记基因或治疗靶点。 相比于只关注差异表达的基因，WGCNA利用数千或近万个变化最大的基因或全部基因的信息识别感兴趣的基因集，并与表型进行显著性关联分析。一是充分利用了信息，二是把数千个基因与表型的关联转换为数个基因集与表型的关联，免去了多重假设检验校正的问题。 理解WGCNA，需要先理解下面几个术语和它们在WGCNA中的定义。...

IPv6资源 校内资源： 支持IPv6的视频点播碧海青天bbs站（telnet需要客户端支持IPv6） CERNET2资源： WEB资源：CERNET2:www.cernet2.edu.cn上海交通大学IPv6论坛清华大学IPv6ipv6.tsinghua.edu.cn上海交通大学IPv6实验站ipv6.sjtu.edu.cn北京大学IPv6北京交通大学IPv6实验站media6.njtu.edu.cn中国科技大学CERNET2主节点ipv6.ustc.edu.cn东北大学IPv6站ipv6.neu6.edu.cn浙江大学IPv6实验网ipv6.zju.edu.cn 在线视频点播：上海交通大...