生物或医学中涉及高通量测序的论文，一般会将原始测序数据上传到公开的数据库，上传方式见测序文章数据上传找哪里；并在文章末尾标明数据存储位置和登录号,如ThedatafromthisstudywasdepositedinNCBISequenceReadArchiveunderaccessionSRA:SRP114962.。 NCBI的SRA(SequenceReadArchive)数据库(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/)是最常用的存储测序数据的数据库。目前SRA数据的组织方式分为下面4个层次： Studies—研究课题； Experiments—实验设计； R...

从公共数据库中下载基因组或外显子组数据，一般需注意以下几项： 1. 使用权限 2.物种及参考基因组版本 3.数据来源及引用：GEO、千人基因组计划等 4.表型：种族、健康状况、性别、年龄和家系信息 5.数据类型：遗传变异、体细胞变异；SNV、InDel或SNV；基因芯片或测序（测序仪、单双端及读长） 6.文件类型：fastq、bam、vcf或gvcf 国际千人基因组计划 项目起始。人类基因组计划耗费10多年后在2003年绘出人类的完整基因组图谱。作为某种延续，也得益于测序通量的提高，国际千人基因组计划（The1000GenomesProject,1000G/1KGP）从2008年启...

Github来源：https://github.com/cmdcolin/awesome-genome-visualization 配套网页： https://cmdcolin.github.io/awesome-genome-visualization/?latest=true 工具名称、下载链接、文献、编程语言、运行平台如下 Ideogramviewer https://bioinformatics.mdanderson.org/public-software/ideogramviewer/ Language:JS Platform:Web BRIG http://brig.so...

导 读 嵌合抗原受体T细胞（CAR-T）技术是一种新兴的抗肿瘤细胞免疫疗法。通常CAR-T细胞治疗只需一次给药，就可以通过高效识别进而杀死肿瘤细胞，从而显著延长患者的生存时间，甚至治愈部分患者。因此，CAR-T治疗成为备受瞩目的创新肿瘤疗法。2021年6月，复星凯特公司开发的阿基仑赛注射液获得国家药品监督管理局（NMPA）批准，成为在我国首个上市的CAR-T产品。随后，药明巨诺公司开发的CAR-T新产品瑞基奥仑赛注射液也正式获得批准上市。这两款CAR-T疗法的临床使用，标志着中国肿瘤治疗正式开启了CAR-T时代。 图1图文摘要 作为个体化细胞免疫疗法，CAR-T疗法在血液肿瘤的治疗中显示出...

最近大量跑chip-seq，看到一篇2016Cell的文章《Cistrome andEpicistromeFeaturesShapetheRegulatoryDNALandscape》感觉图3好惊艳。 找了下材料和方法，发现是一个叫MotifStack（http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/motifStack.html）的包画的。 什么是motif？ Motif是在生物学中是一个基于数据的数学统计模型，典型的是一段sequence也可以是一个结构。如转录因子倾向于结合某些特定的序列。把这个R包和数据下载下来...

SIFT   用计算机替代人预测复杂事件的影响，是我们这个时代最令人兴奋的科学进展之一。SIFT就是这样一个应用于基因组学研究的经典工具。   SIFT可预测多种生物体的基因组变异，主要是错义突变的影响与效应，最大的特点是物种丰富，是一个经典的、普适性的研究工具。 网址1 (官方) http://sift-dna.org (偶尔进不去时换个时间或浏览器访问) 开发单位 (1)新加坡基因组研究所，计算和系统生物学 (2)美国克雷格·文特尔研究所，基因组医学   克雷格·文特尔研究所(J.CraigVenter...

导读 clusterProfiler4.0同步支持最新版GO和KEGG数据，支持数千物种的功能分析，应对不同来源的基因功能注释（如cellmarkers,COVID-19等）提供了通用的分析方法，适用各类组学数据（RNA-seq,ChIP-seq,Methyl-seq,scRNA-seq…）。新版本尤其实现多组数据间自由比较，如不同条件、处理等，并内置系列流行辅助工具，如数据处理包dplyr、可视化包ggplot2等，方便分析人员用熟悉的方式自由探索，实现数据高效解读。 高通量组学数据功能解读中，功能富集分析是至关重要的一步，相关软件繁多但大多数仅针对极少量的模式生物开发，无法支持大量非模式...

之前给大家推荐过教育部首批490门“国家精品在线开放课程”，里面很多跟生物或编程相关的免费经典课程。除了国内这些开放的学习资源外，还有许多国外的免费资源，比如英语写作常见错误和视频中是斯坦福大学老师的授课视频，很经典。如果时间紧张，只看前两节也挺好。 今天给大家推荐的是加拿大安大略癌症研究所（OntarioInstituteforCancerResearch）推出的各种生信课程。该机构每年都会举办数场生物信息学研讨会（CBW），并共享其课件与视频，每一份都是沉甸甸的财富，真业内良心！！！ 大家可以复制链接：https://bioinformatics.ca/进入官网查看。 2018年共开展...

欢迎来到Python的世界，本教程将带你遨游Python，领悟Python的魅力。本教程专注于帮助初学者，尤其是生物信息分析人员快速学会Python的常用功能和使用方式，因此只精选了部分Python的功能，请额外参考Python经典教程Abyteofpython和它的中文版来更好的理解Python.本文档的概念和文字描述参考了Abyteofpython(中文版)，特此感谢。 本教程已更新到Python3版本。 目录 背景介绍 编程开篇 为什么学习Python 如何安装Python 如何运行Python命令和脚本 使用什么编辑器写Python脚本 Python程序事例 Python基...

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第八届“数学、计算机与生命科学交叉研究” 青年学者论坛--特别云论坛 一、 会议简介    “数学、计算机与生命科学交叉研究”青年学者论坛旨在加强从事“数学、计算机与生命科学交叉研究”青年学者之间的联系，交流生命科学与计算生物学研究领域的最新成果，了解相关国内外发展动态和研究热点，促进我国数学、计算机与生命科学交叉研究与应用实践的更好发展。前七届论坛已分别于2013年至2019年的每年5月成功举办，受到了与会青年学者的普遍好评。2020年新冠疫情肆虐全球，影响至今。为继续促进数学、计算机与生命科学交叉研究领域青年学者的交流，我们将以线上会议的形式，于2021年5...

转录组分析是目前应用最广的高通量测序分析技术之一。常见设计是不同样品之间比较，寻找差异基因、标志基因、协同变化基因、差异剪接和新转录本，并进行结果可视化、功能注释和网络分析等。 转录组的测序分析也相对成熟，从RNA提取、构建文库、上机测序再到结果解析既可以自己完成，又可以在专业公司进行。 概括来看转录组的分析流程比较简单，序列比对-转录本拼接(可选)-表达定量-差异基因-功能富集-定制分析。整个环节清晰流畅，可以作为最开始接触高通量测序学习最合适的技术之一。 但重点和难点在于理解这些过程都是怎么做的，有什么需要注意的，结果怎么解读，后续分析怎么做。这些只有自己动手操作过，才可能有理解。而理解...

导语 以诺贝尔奖得主为代表的精英科学家群体，引领了现代科学的发展方向，其学术生涯路线，对青年学者有启发意义。近日由国防科技大学李际超与美国西北大学王大顺、殷裔安及印第安纳大学SantoFortunato等合作发表的论文，整理了1900-2016年间545位诺奖得主的论文发表与合作网络数据，对比发现诺奖科学家与普通科学家之间在论文发表、科研合作及创新研究上的诸多差异。例如被诺奖认可的研究工作往往出现在学者职业生涯早期，独立或小团队完成的工作更可能获得获奖，精英科学家在获得诺奖之后的新文章影响力可能下降等。本文是对这项研究的详细解读。 论文题目： Scientificeliterevisit...

  ImageGP从2017年推出后，稳定运行3年，因其使用简单方便，深受广大朋友们喜欢。 独立IP访问20万次，日均使用600次。 如果您对编程不熟悉，使用ImageGP可以快速出图。 如果您对编程很熟悉，有时临时画个图，还是ImageGP方便。 有时想一下，R代码写的最多的还是read.table。 最近半年一直在对ImageGP进行升级。 网站架构重新设计，可以快速部署更多类型的工具和更丰富的结果展示形式。 绘图R代码开源供下载后进一步定制。 增加了更多的参数，如颜色的修改、统计标记 增加更多类型的图形绘制 增加数据在线转换和合并功能，便于更快捷准备绘图数据 增加在线分析...

生物信息学习的正确姿势 NGS系列文章包括NGS基础、高颜值在线绘图和分析、转录组分析 （Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析 （ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析 (重磅综述：三万字长文读懂单细胞RNA测序分析的最佳实践教程)、DNA甲基化分析、重测序分析、GEO数据挖掘（典型医学设计实验GEO数据分析(step-by-step)）、批次效应处理等内容。 学生信，不是贪多的，而是求精的！ 生信学习入门常见错误可能的原因分类总结和求助指南 生信学习学的是什么？常识！ 1.理解你的目标并选择合适的工具 好...

解决问题六部曲 在学习、工作的过程中总是会遇到不少问题，通常的解决思路包括谷歌搜索、阅读文档、求助身边的人、QQ群提问、论坛提问、求助作者等。通常我们也应该按这个顺序来操作。 实际的尴尬 但实际上，却时不时的碰到一些比较尴尬的情况，比如： 懒惰型：代表性语句是在吗、有没有人熟悉XX软件、有没有人做过XX分析。这让潜在回答者不知道怎么说，说在或熟悉都是要回答问题的节奏，但一轮的对话下来没有任何实质性进展。这背后是提问者对自己语言的吝惜，不舍得费力敲出想要问的问题，一副不见兔子不撒鹰的样子。殊不知，自己是兔子，回答者是鹰，鹰在看到好的兔子才会出手。 笼统型：代表性语句我想做转录组分析不知道怎么...

欢迎关注"R语言和统计" Anscombe'squartet，Wikipedia 就现在的习惯来说，统计表格和作图往往是同时出现的。 比如，在使用表格呈现相关或回归系数等统计值的时候，通常还会配上一个散点图用来辅助说明。 现在很少有只做表格，不画图的“老一辈风格”啦 。 不过，大约1973年的时候，大部分的统计学家们却持这样的观点：用统计值来描述数据才是准确的（比如均数，标准差，相关系数等），而图片是粗略、不准确的[1]！ 就在这时候，有一位名叫FrancisAnscombe的统计学家，写了一篇论文“GraphsinStatisticalAnalysis”，发在了《TheAmericanS...

感谢北大出版社的持续支持和各位朋友的积极参与！ 再推荐一个高颜值免费在线绘图工具更新版（百度搜索ImageGP即可访问）！ 上周送书中奖名单 在10月23日留言送书活动中，因各位参与活动积极，故小编增加奖品数目，挑选留言点赞前三位，和分享经验最认真的读者（你字多，你厉害 ），希望大家多多阅读，多多转发，留言多多，收获多多，文章多多，阅读多多，奖品多多。 高级教程和生信基础知识在生信宝典往期推文中都有，赠送的书籍可以作为一类延伸阅读扩展知识面。这个为生信学习和生信作图打造的开源R教程真香！！！这个为生信学习打造的开源Bash教程真香！！（目录更新）！ 送书 看得出大家对R语言非常热爱...

作者：何加盐 公众号“何加盐” ID：ihejiayan 生物信息学习的正确姿势 NGS系列文章包括NGS基础、高颜值在线绘图和分析、转录组分析 （Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析 （ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析 (重磅综述：三万字长文读懂单细胞RNA测序分析的最佳实践教程)、DNA甲基化分析、重测序分析、GEO数据挖掘（典型医学设计实验GEO数据分析(step-by-step)）、批次效应处理等内容。 专门研究牛人 何加盐第 152 次为你加盐   35岁，是特别...