目录 结构变异SV 基于单个参考基因组鉴定SV 通过构建泛基因组来鉴定SV 转座元件与作物改良的相关性 利用pan-genome进行QTL定位和GWAS 利用pan-genome进行基因组预测 泛基因组应用育种的挑战与机遇 多倍体基因组的复杂性 研究不足的作物基因组资源 快速驯化新物种 结构变异SV 基于单个参考基因组鉴定SV 三类方法：readsdepth,readspair,splitreads 缺点：（1）参考基因组的不完全组装或真正的个体间的缺失使得某些基因座序列不能很好的被鉴定；（2）不同的reads比对效率较低，（3）短reads的不均匀覆盖偏差可能导致不准确的鉴定。 弥...

来自PaulinoPérez-Rodríguez和JoséCrossa两位GS领域大佬的报告。 从GBLUP到RRBLUP，再到BRR理论 使用经典数据集CIMMYTwheat599 BGLR示例 作者：生物信息与育种

目录 关于GLNexus 由于重叠变异产生的half-calls GATKjointcalling对于half-calls的处理 建议处理 关于GLNexus GLnexus是由DNAnexus开发，用于可扩展的gVCF合并和联合变异（jointcalling）要求群体测序项目，GL即genotypelikelihood之意。 GATK作为变异检测金标准软件，缺点在于速度很慢。尽管在分析上游的比对、单样本HaplotypeCaller检测等环节已经有很多替代品，如Sentieon、Parabricks等，但下游jointcalling这一步优化仍然有限。而这正是整个GATK流程的最限速的步...

目录 BSA的发展 BSA分析框架 BSA流程及影响因素 BSA的群体 BSA的算法 BSA的软件 BSA遗传群体、算法和软件的对应关系 BSA作为基因组学中基因挖掘的三板斧之一，最大优点是高效、经济、简便。通过选择双亲群体分离后代中具有极端表型的个体进行混样，然后比较不同极端混样池之间的多态性并结合表型进行目标基因定位，主要用于受环境影响较小的质量性状基因或主效基因的初步定位。 下面几张图表较为全面地总结了BSA的方方面面，值得详细查看和研究。 BSA的发展 BSA分析框架 BSA流程及影响因素 BSA的群体 图中简写： H&D,chromosomehaploidizatio...