snapgene 是一款功能强大的多功能的分子生物学工具,能够非常直观的注释分析和DNA图谱。它模拟了Clontech的In-Fusion克隆技术,只需选择您想要融合的DNA片段,即可设计引物,是创建无缝基因融合的一种非常通用的方法,可以轻松创建和共享丰富的注释文件,帮助我们准确清晰地为分子生物学绘制相关图形。SnapGene是GSL Biotech的产品,GSL Biotech是第一个比笔和纸更易于使用的分子生物学软件。 现在,您实验室中产生的任何DNA都可以记录为电子文件,并与免费软件SnapGene Viewer共享给全世界。5.0版增加了新功能和显示选项,包括成对比对,从Ensembl数据库导入,对定向TOPO®克隆的支持以及用于与参考DNA序列比对的改进工具。ps:这里小编带来的是snapgene下载,附带的文件可以完美成功激活软件,其详细的安装教程可参考下文,亲测可用,请放心下载使用。
软件地址:看置顶贴
Snapgene软件功能
一、想象
1、DNA可视化
查看DNA序列的多个视图。
地图 · 序列 · 酶 · 特征 · 引物 · 历史
自定义酶位点,特征,引物,ORF,DNA颜色等的显示。地图可以是圆形或线性格式。
使用双链模式查看酶位点,具有翻译,引物和DNA颜色的特征。单链模式显示具有彩色特征的紧凑概览。
从一系列酶组中选择。剪切网站可以显示为数字或行,按名称或频率排序。
按名称,位置,大小,颜色,方向性或类型对带注释的要素列表进行排序。复选框在紧凑或完全展开的显示之间切换。
按名称,长度,颜色,结合位点,方向性或解链温度对杂交引物列表进行排序。复选框在紧凑或完全展开的显示之间切换。
查看DNA构建体的自动生成的图形历史记录。祖先序列可以作为单独的文件恢复
2、大序列支持
浏览染色体大小序列。
查看 · 搜索 · 缩放
利用SnapGene的高效数据处理功能,扫描具有数千种注释功能的大型DNA序列。
使用专有的MICA算法立即在染色体内找到序列。
使用多功能控件调整缩放系数和显示区域。
3、蛋白质可视化
查看蛋白质序列的多个视图。
地图 · 序列 · 属性 · 特征 · 历史
自定义区域,站点,键和序列颜色的显示。
使用具有相关特征的1-或3个字母的氨基酸代码查看蛋白质序列。
查看蛋白质的分子量,消光系数,等电点和氨基酸组成。可以对蛋白质的选定部分进行相同的分析。
按名称,位置,大小,颜色或类型对带注释的功能列表进行排序。复选框在紧凑或完全展开的显示之间切换。
查看自动生成的蛋白质序列图形历史记录。祖先蛋白质或DNA序列可以作为单独的文件再生。
4、直观的序列编辑
轻松编辑DNA和蛋白质序列。
标准编辑 · DNA结束
进行插入,删除,替换和大小写更改。复制并粘贴序列时,会自动传输功能。
编辑线性DNA序列的末端以添加或去除突出端或磷酸酯。
5、序列颜色编码
将选定的DNA或氨基酸序列设置为十种颜色之一。
给两条DNA链或蛋白质序列着色。颜色在Map和Sequence视图中都可见。
6、特征注释
自动注释常用功能,或手动注释新功能。
自动特征检测 · 手动特征注释
使用SnapGene广泛的数据库查找DNA序列中的常见特征。您选择的其他功能可以添加到自定义数据库中。
选择DNA或蛋白质序列的一部分,并使用灵活的GenBank兼容控件注释特征。
二、模拟
1、限制性站点指标
确认限制性网站适合克隆。
独特性 · 甲基化敏感性 · 特殊性质
以粗体显示独特的限制性位点,或选择自动定义的Unique Cutters或Unique 6+ Cutters酶组。
不要被愚弄,因为限制性位点被Dam,Dcm或EcoKI甲基化阻断。SnapGene将自动用星号标记该站点。
利用工具提示来避免有问题的限制网站。
2、限制性克隆
可视化克隆过程的所有方面。
如果您已经考虑过程,则模拟只需几秒钟。如果克隆过程存在设计缺陷,则可以捕获并纠正错误。
3、PCR
模拟标准PCR。
使用您自己的引物,或要求SnapGene自动设计引物。产品文件在其历史记录中存储模板和引物。
4、重叠延伸PCR
通过重叠延伸PCR融合片段
最多可组装八个碎片。选择要连接的片段及其方向,SnapGene将设计引物。
5、引物定向诱变
使用诱变引物进行定点诱变。
选择诱变引物,按下按钮查看修饰的质粒。历史颜色突出了突变。
6、网关®克隆
模拟网关® BP克隆或LR克隆,或两者在同一时间。
为方便起见,提供了常见的供体向量和目的向量。选择要组装的片段,SnapGene将设计引物。
7、吉布森大会®
通过融合多达八个片段或通过将多达八个片段插入向量来模拟Gibson Assembly。Gibson Assembly是一种流行的无缝克隆方法。
选择要融合的片段及其方向,SnapGene将设计引物。线性化的载体可以通过酶消化或反向PCR产生。
8、IN-FUSION ®克隆
通过在向量中插入最多八个片段来模拟Clontech的In-Fusion克隆。In-Fusion克隆是一种非常通用的方法,可用于创建无缝基因融合。
选择要融合的片段及其方向,SnapGene将设计引物。线性化的载体可以通过酶消化或反向PCR产生。
9、TA和GC克隆
通过TA或GC克隆捕获PCR产物。
选择传统的TA克隆或高效GC克隆。
为方便起见,提供了常见的TA克隆载体和Lucigen的GC克隆载体。
10、退火Oligos
退火两个寡核苷酸形成双链产物。
使用简单的控件添加突出限制克隆。
Part 3: 快速的测序数据管理
SnapGene的第三个独特功能是其快速的测序数据管理,可以帮助用户快速有效地管理DNA测序数据。它提供了多种测序数据导入和导出方式,如FASTA、GenBank、FASTQ、ABI、SCF等,能够满足各种测序数据格式的需求。同时,SnapGene还支持多种DNA测序数据处理和比对工具,如BLAST、Clustal Omega、MUSCLE、PhyML等,能够满足用户对DNA测序数据的分析和处理需求。这些功能使得SnapGene成为一个高效、可靠的DNA测序数据管理工具。
投笔从戎(班超)
出处:《后汉书·班超传》:“大丈夫无他志略,犹当效傅介子,张骞立功异域,以取封侯,安能久事笔砚间乎?”
释义:扔掉笔去参军。指文人从军。
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乐不思蜀(刘禅)
出处:《三国志·蜀书·后主传》裴松之注引《汉晋春秋》:“问禅曰:‘颇思蜀否?’禅曰:‘此间乐,不思蜀。’”
释义:比喻在新环境中得到乐趣,不再想回到原来环境中去。
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暗渡陈仓(韩信)
出处:元·无名氏《暗度陈仓》第二折:“着樊哙明修栈道,俺可暗度陈仓古道。这楚兵不知是智,必然排兵在栈道守把。俺往陈仓古道抄截,杀他个措手不及也。”
释义:比喻用一种假象迷惑对方,实际上却另有打算。
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嗟来之食(黔敖)
出处:《礼记·檀弓下》:“予唯不食嗟来之食,以至于斯也!”
释义:指带有侮辱性的施舍。
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怒发冲冠(蔺相如)
出处:《史记·廉颇蔺相如列传》:“相如因持璧却立倚柱,怒发上冲冠。”
释义:指愤怒得头发直竖,顶着帽子。形容极端愤怒。