GAPIT是一款非常老的而且非常流行的软件包，傻瓜式操作，一键出图出结果，一篮子的解决方案，是我最经常使用的GWAS分析软件包。 最近，GAPIT现在的版本是GAPIT3，速度比第二版有较大的提升： 更大的变化，终于有GAPIT这个软件包了，可以用library载入进去，而且安装方式可以用github安装，更符合R-style。 1.GAPIT3官网地址 官网地址：https://zzlab.net/GAPIT/ github地址： https://github.com/jiabowang/GAPIT 2.windows安装 推荐安装方式： devtools::install_githu...

大家好，我是邓飞，作为一个围棋爱好者，没有自己的AI引擎是不专业的，搞起来。 背景： 为何要搭建自己的AI围棋，腾讯围棋和野狐围棋，AI复盘都要钱，99围棋只给出最佳选点，但是没有给出变化图。所以，自己搭建一个AI围棋，用于复盘野狐围棋和99围棋的棋谱，是一个比较好的解决方案。 折腾的结果： 完成AI围棋的搭建，引擎是Katago 可以使用AI对局，可以复盘，可以选点推荐，胜率变化 野狐围棋下载的棋谱，可以用Katago复盘 99围棋下的围棋，可以用Katago复盘 完美实现预期，独乐了不如众乐乐，分享一下，希望大家学围棋效率更好，进步更快！ 具体配置方法 1.软件下载 这里，我把自己的...

大家好，我是邓飞。 GWAS分析时，35个性状是正常操作，要分析100个性状呢，手动修改参数，工作量是够了，但是程序员的修养体现在哪里了？？？ 如果还是按照每个性状一个文件夹，每个文件夹中一个脚本，不断地修改脚本，一点也不高端，所以，遇到这种情况，批量处理就派上用场了。 之所以之前一直不用，因为10个性状一下，没有必要，费心思想还不如直接动手操作了，但是100个性状真的吓到我了，不满足才能有进步。就看了一下参数说明，然后五分钟搞定了。虽然五分钟搞定的事情，但是写博客20分钟记录一下还是有必要的，独乐乐不如众乐乐。 开始介绍。 plink中其实没有多性状模型的参数，但是它有一个--mpheno...

大家好，我是邓飞。 对于vcf文件和plink文件是经常用的文件，对于基因型数据的处理，一般分为： 数据质控 数据提取 染色体修改名称 样本修改名称 今天介绍一下vcf文件的三个处理方法： 1，染色体修改 2，样本名称修改 3，样本提取 用到的软件是bcftools，用到的系统是Linux。 1.数据描述 数据使用GWAS-Cookbook中的GWASdat1中的数据，将数据变为vcf格式。 将plink的二进制文件，变为vcf的代码： plink--bfile../../gwas_cookbook/GWAS-dat1/1_QC_GWAS/HapMap_3_r3_1--recode...