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wget小细节（geo数据，figshare数据）

前面在学徒抽丝剥茧想搞清楚这个转录组数据问题出在哪里提到了（CNGBdb）数据下载问题，有小伙伴表示wget讲解的不过瘾，所以我们增加了一点内容，主要是关于GEO数据库以及figshare上面的单细胞表达量矩阵的下载。。。数据在CNGBdb，https://db.cngb.org...

用户1154415 6天前阅读：20
Linux下的文本排序让我很意外

我分享给大家的ngs流程里面经常是需要制作配置文件，里面的每个样品名字都有两个测序文件，因为目前都是双端测序，制作配置文件的过程其实就是Linux下的文本处理，代码如下所示：echo A_{1..25}_2.fq.gz |sed 's/\s/\n/g'|sort >2 echo...

用户1154415 6天前阅读：15
基因敲除前后的单细胞转录组已经成为了标配了吗

探索一个基因的功能，比如它在不同细胞系的表达量情况，在病人样品表达量情况，是否影响肿瘤的发生发展，转移复发耐药等等，这方面湿实验手段非常多，有：RNA extraction, reverse transcription and real-time RT-PCRWestern bl...

用户1154415 6天前阅读：13
甲基化探针相对于基因来说太多了怎么办

如果是表达量芯片，探针数量很明显是比标准的2万多个蛋白质编码基因多不少，很容易理解嘛，因为每个基因长度那么给力，在上面设计多个探针很正常。针对表达量芯片，我们会有一个很常规的操作，就是相当于基因来说的去冗余操作，如果一个基因对应多个探针我们会仅仅是保留表达量最大的探针作为那个基...

用户1154415 6天前阅读：15
PanCanSurvPlot: 一款解决泛肿瘤KM生存分析的Shiny网页工具

一个泛癌生存分析小工具，希望能够帮到一些科研工作者；特别是在文章做单基因机制的时候比较难找到该基因的临床意义的时候，一键筛选出该基因在200多个数据集中的生存数据结果；还提供了最佳临界值分组，避免了去各种临界值去测试最显著的临界值。网页工具速览PanCanSurvPlot (ht...

用户1154415 6天前阅读：15
使用MuSiC以及MuSiC2来根据单细胞转录组结果推断bulk转录组细胞比例

肿瘤微环境（TME）大家都比较熟悉了，肿瘤周围的组织、免疫细胞、血管、细胞外基质等元素共同形成了“肿瘤微环境”。我们讲了很多工具可以推断bulk转录组的微环境组成，目录是：estimate的两个打分值本质上就是两个基因集的ssGSEA分析针对TCGA数据库全部的癌症的表达量矩阵批...

用户1154415 6天前阅读：19
Hail-GWAS教程笔记

相约冬奥会主要参考自：Hail | GWAS Tutorial[1]本笔记旨在提供Hail功能的概述，重点是操作和查询遗传数据集的功能。我们进行了全基因组SNP关联测试，并证明了需要控制由群体分层引起的混杂。1、安装和环境准备#安装 Jupyter wget https://re...

用户1154415 6天前阅读：28
一行命令将count转为CPM/TPM/FPKM

实现代码一行命令将count转为CPM/TPM/FPKM 的软件为rnanorm,是一个基于Python开发的命令行工具。安装可以通过命令安装：pip install rnanorm复制我以featureCounts的输出文件进行举例，用featureCounts对进行基因cou...

用户1154415 6天前阅读：27
PRIMUS，一个专门针对肿瘤单细胞转录组数据整合的算法

Poisson scRNA Integration of Mixed Unknown Signals（PRIMUS）：混杂未知信号的泊松scRNA数据整合背景介绍PRIMUS 来源于最近国人的一篇Sci Adv的文献Longitudinal single-cell RNA-seq...

用户1154415 6天前阅读：25
沉浸式体验WGBS(上游)

沉浸式体验WGBS(上游)甲基化芯片数据处理我是有视频课程的首先需要阅读我在生信技能树的甲基化系列教程，目录如下：01-甲基化的一些基础知识.pdf02-甲基化芯片的一般分析流程.pdf03-甲基化芯片数据下载的多种技巧.pdf04-甲基化芯片数据下载如何读入到R里面.pdf05...

用户1154415 6天前阅读：33
只有测序数据不知道如何高级分析可以试试看这个期刊

最近发现了一个有意思的期刊杂志：《Scientific Data》，它似乎是并不需要特别的高级数据分析也不需要得到什么明确的生物学结论，仅仅是自己产出测序数据并且公开给大家即可，简要的质量控制和描述数据即可。这就可能非常受生信工程师的喜爱，因为绝大部分生信工程师就是擅长统计可视化...

用户1154415 6天前阅读：27
史上最大子宫内膜异位症单细胞图谱

都2023了，单细胞还在卷样品数量，这不，史上最大子宫内膜异位症单细胞图谱来了。2023年1月发表在Nature Genetics的：《Single-cell transcriptomic analysis of endometriosis》，接近40万个单细胞哦，样品可以分成如...

用户1154415 6天前阅读：22
春节期间单细胞转录组数据分析全免费

是的，你没有看错，单细胞转录组数据分析直接就全免费，不过时间上原则上仅限于春节前后一周哈。（活动最终解释权归生信技能树所有）因为我自己能力限制，单细胞多组学，单细胞表观，单细胞免疫组库，空间单细胞这些比较新颖的技术在2023年8月份之前我是不可能去整理它们数据分析流程，所以如果...

用户1154415 6天前阅读：30
白癜风单细胞转录组数据处理

前些天我们公众号弄了一个活动，详见：春节期间单细胞转录组数据分析全免费，收到了上百个需求，本来呢我们自己就算是春节前后14天不吃不喝不眠不休也不可能完成这么多单细胞数据处理。好在我灵机一动，想起来了前面两个月培养的一百多个在线实习生，毕竟教了大家R语言，转录组，以及单细胞转录组...

用户1154415 6天前阅读：26
脑脊液单细胞转录组数据处理

前些天我们公众号弄了一个活动，详见：春节期间单细胞转录组数据分析全免费，收到了上百个需求，本来呢我们自己就算是春节前后14天不吃不喝不眠不休也不可能完成这么多单细胞数据处理。好在我灵机一动，想起来了前面两个月培养的一百多个在线实习生，毕竟教了他们R语言，转录组，以及单细胞转录组...

用户1154415 6天前阅读：24
脓毒症小鼠模型单细胞（中性粒细胞这么就丢了呢）

前些天我们公众号弄了一个活动，详见：春节期间单细胞转录组数据分析全免费，收到了上百个需求，本来呢我们自己就算是春节前后14天不吃不喝不眠不休也不可能完成这么多单细胞数据处理。好在我灵机一动，想起来了前面两个月培养的一百多个在线实习生，毕竟教了他们R语言，转录组，以及单细胞转录组...

用户1154415 6天前阅读：25
小鼠单细胞转录组数据之PRJNA604055

在 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/?term=PRJNA604055 可以看到这个数据集来源于文章：《Single-nucleus RNA-seq of mice arcuate nucleus of hypothalamus after pr...

用户1154415 6天前阅读：21
肝癌单细胞转录组数据之SRP318499

这个肝癌单细胞转录组数据的SRA数据库链接是：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/?term=SRP318499https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/?study=SRP318499可以看到居然是bam文件格式：...

用户1154415 6天前阅读：25
免疫性血小板低下症患者的单细胞层面变化

今天是大年初一，年前的7天已经处理了60多个单细胞数据集并且发给了有需求的粉丝们。其实本来呢春节前后就14天，一天哪怕是干10个数据集，也很难完成全部的委托了，好在前面两个月培养的一百多个在线实习生，毕竟教了大家R语言，转录组，以及单细胞转录组。大家一起努力，才有可能把我们公众号...

用户1154415 6天前阅读：26
VAG:图形化泛基因组中 reads 比对和路径导航的可视化工具

测序技术和生物信息学的进步推动了基因组学研究。最近，基于图的泛基因组作为线性泛基因组表示（从头和迭代泛基因组）的替代品出现。基于图的泛基因组整合了泛基因组序列和变异信息，显示结构变异。尽管图泛基因组在促进识别和定位重要变异方面提供了更多潜力，但由于缺乏可用的工具来可视化结构变异和...

用户1154415 6天前阅读：23

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