变量说明:
$$
Shell本身的PID（ProcessID）
$!
Shell最后运行的后台Process的PID
$?
最后运行的命令的结束代码（返回值）
$-
使用Set命令设定的Flag一览
$*
所有参数列表。如"$*"用「"」括起来的情况、以"$1 $2 … $n"的形式输出所有参数。
$@
所有参数列表。如"$@"用「"」括起来的情况、以"$1" "$2" … "$n" 的形式输出所有参数。
$#
添加到Shell的参数个数
$0
Shell本身的文件名
$1～$n
添加到Shell的各参数值。$1是第1参数、$2是第2参数…。

示例：
我们先写一个简单的脚本，执行以后再解释各个变量的意义
# touch variable
# vi variable
脚本内容如下：
#!/bin/sh
echo "args number:$#"
echo "script name:$0"
echo "first arg:$1"
echo "second arg:$2"
echo "args:$@"

保存退出

赋予脚本执行权限
# chmod +x variable

执行脚本
# ./variable aa bb
args number:2
script name:./variable
first arg: aa
second arg: bb
args:aa bb

通过显示结果可以看到：
$# 是传给脚本的参数个数
$0 是脚本本身的名字
$1 是传递给该shell脚本的第一个参数
$2 是传递给该shell脚本的第二个参数
$@ 是传给脚本的所有参数的列表

$()在bash中叫做 命令替换，回调用一个subshell。通俗点讲，就是被它括起来的命令部分将优先执行。

$(command)命令替换，和`command`是同样的作用

#Examples:
#  basename /usr/bin/sort       Output "sort".
#  basename include/stdio.h .h  Output "stdio".
#Examples:
#  dirname /usr/bin/sort  Output "/usr/bin".
#  dirname stdio.h        Output ".".

NAME=$(basename $VCF .vcf.gz)
DIR=$(dirname $VCF)